Despre ctitorul acestei biserici ne vorbeşte clar inscripţia slavonă aşezată deasupra uşii de intrare a bisericii: „Elena, fiică de Despot, doamna răposatului Petru Voevod, a zidit acest hram întru numele Sfântului mare mucenic Gheorghe în târgul Botoşanilor, în zilele Domnului Io Ştefan Voevod şi s-a săvârşit în anul 7049 ( 1541), luna octombrie”. Anul este greşit în pisanie; este vorba de 7059 ( 1551).
A fost clădită după modelul bisericii lui Ştefan cel Mare „Popăuţi”, în formă de cruce cu turnuleţ la mijloc şi cu intrare pe latura de nord. Este o construcţie de proporţii reduse, fără multe elemente decorative şi fără picturi. Este o construcţie tip moldovenesc, urmând, cu neînsemnate deosebiri, linia lăcaşurilor de închinare orăşeneşti mai vechi. Decoraţiunea interioară a fost simplă, fără picturi pe pereţi. Pe jos era pardosită cu lespezi de piatră care au rămas până astăzi. Prima clopotniţă a fost construită din lemn la poarta bisericii. Cu timpul, biserica a suferit unele transformări în urma reparaţiilor ce i s-au făcut, fiind încercată adeseori de focuri şi cutremure. Biserica „Sfântul Gheorghe” este o construcţie de plan triconic, zidită din piatră brută şi cărămidă; piatră cioplită s-a folosit doar la colţurile clădirii, la ferestre şi contraforturi. Scheletul catapetesmei datează din anii 1921-1922, fiind din lemn artistic lucrată. Icoanele din catapeteasmă sunt pictate în ulei pe lemn de un pictor al cărui nume nu se poate descifra şi de Grigore Zugravu în anul 1733 iunie 20, având fondul suflat cu aur. Sfântul Mare Mucenic Gheorghe este declarat patronul şi ocrotitorul oraşului Botoşani. Biserica „Sfântul Gheorghe” este legată de una din peceţile vechi ale oraşului, sigiliul având simbolul „Sfântul Gheorghe călare pe cal omorând balaurul cu o suliţă” pe un act din anul 1780 şi poartă înscrisul: „Pecetea târgului Botoşani afierosit la Sfântul Gheorghe, 1780″.